Wilayah Desa Kabongan Lor berada di sebelah Utara Jalan raya Pantura Semarang - Surabaya, terbentang dari Barat ke Timur, dengan batas di sebelah Barat berbatasan langsung dengan Desa Sukoharjo, di sebelah Utara berbatasan langsung dengan laut Jawa, di sebelah selatan berbatasan dengan Desa Kabongan Kidul dan di sebelah Timur berbatasan dengan Desa Tireman.